Junk DNA: Sejarah Lampau Kehidupan
www.socineer.com


Rantai DNA, seperti yang kita ketahui, merupakan cetak-biru dari kehidupan. Dalam rantai DNA dikodekan protein-protein dasar bentuk fisik dari semua makluk hidup di dunia ini. Untuk lebih lanjut bisa membaca di: Rantai DNA — Cetak-biru Kehidupan.

Kode-kode dalam rantai DNA adalah informasi untuk menghasilkan protein di tempat yang tepat di seluruh tubuh. Satu unit yang terdiri dari kode-kode penghasil protein dengan fungsi khusus kita namakan gen (gene), dari sana asal kata genetik. Apakah seluruh kode dalam rantai DNA terdiri dari gen? Ternyata tidak. Hanya sebagian kecil kode-kode DNA itu yang akhirnya menghasilkan gen. Sebagian besar (pada manusia 98.5%) tidak dipergunakan. Bagian itulah yang dinamakan junk DNA, atau lebih tepatnya sebenarnya non-coding DNA. Dinamakan non-coding karena kode-kode DNA itu tidak digunakan untuk membuat bagian tubuh dari makhluk hidup.

Ini melahirkan pertanyaan, kenapa pula ada sekian banyak bagian dalam rantai DNA yang bersifat non-coding dan tidak digunakan? Sesuatu yang terlihat 'gelap' selalu melahirkan dugaan macam-macam. Ada yang bilang bahwa di dalamnya terdapat informasi bahwa manusia berasal dari makhluk angkasa luar! Ada yang bilang, itu semua hasil rancangan sesuatu makhluk lain, dan berisi informasi rahasia entah untuk apa. Ada yang mentest kode-kode dalam junk DNA tersebut, dan menemukan bahwa ada informasi di dalamnya, dan karena itu merasa bahwa itu pasti ada apa-apanya.

Sebenarnya sudah lama diketahui bahwa ada informasi dalam junk DNA, dan itu tidak mengagetkan. Jestru sebaliknya, kalau dalam junk DNA itu tidak ditemukan informasi, dan semua hanya random (istilah informasinya adalah white-noise), baru itu boleh menjadi berita. Bagaimana bisa terjadi rantai DNA sebagian besar terdiri dari kode-kode tanpa informasi masuk di antara gen-gen yang penuh informasi?

Kalau mendengar kata informasi, banyak yang langsung membuka mata seakan-akan itu mengandung rahasia yang tertutup. Inilah letak kerancuan persepsi ini. Mari kita coba ke kebon belakang rumah dan ambil satu genggam tanah. Apa yang ada dalam genggaman kita? Tanah yang kita anggap sederhana itu, bukan melulu random. Tanah dalam genggaman ini penuh dengan informasi. Kalau Anda tidak yakin, coba periksa dalam mikroskop, disana penuh dengan organisma, dan bekas organisma, yang artinya bernilai informasi tinggi, dan tidak ada yang luar biasa dengan hal tersebut.

Bagaimana Junk DNA itu terjadi?

Untuk yang sering berurusan dengan mesin komputer, akan mudah sekali mengerti kenapa junk DNA ini terjadi. Saya ibaratkan harddisk. Sewaktu Anda membeli harddisk baru, dan baru saja di format, informasi apa yang ada dalam harddisk tersebut (selain struktur / formatnya)? Mari kita lihat, itu merupakan barisan bytes yang seragam, misalnya $FF atau $00 terus menerus. Semua data dibersihkan, dan diganti dengan informasi seragam. Informasi seragam ini ingin mengatakan bahwa harddisk ini baru diformat secara total.

Kemudian harddisk itu dipasang pada komputer, dan dipakai oleh pemakai setiap hari, selama beberapa tahun. Apa yang terjadi? Banyak file yang diciptakan oleh sang pemakai dalam harddisk. Secara berkala, ada beberapa yang dihapus, lalu dibuat lagi yang lain, dan dihapus lagi, buat lagi, hapus lagi. Kira-kira setelah beberapa waktu, coba analisis isi harddisk tersebut, lihat bagian yang bukan bagian files, tetapi bagian yang di-tag oleh sistem operasi sebagai non-informational, artinya bagian yang tersedia untuk ditulis. Apakah kita masih akan menemukan bagian tersebut seragam dengan data polos seperti harddisk yang baru di format total? Jawabanya sudah pasti tidak. Isinya adalah, segala macam junk dari segala macam informasi yang pernah kita simpan, dan kemudian kita hapus. Jangan dipikir file-file yang sudah kita hapus itu benar-benar terhapus semua dari harddisk. Bagian itu cuma di-tag sebagai bagian kosong dan available, tanpa perlu dihapus isinya1.

Kenapa sistem operasi tidak menghapus isi track harddisk sebelum di tag sebagai available? Jawabnya adalah, dari segi kerja sistem operasi, itu tidak ada gunanya. Dari segi pandang ini, jika suatu alamat penyimpanan di harddisk sudah ditag sebagai available, apapun isinya tidak perlu dipusingkan lagi. Menghapus data itu tidak punya alasan teknis yang kuat, apalagi mengubah data itu dengan data random. Apa pula alasannya? Tidak ada, malah proses itu memakan sumber daya dan membuat kerja komputer menjadi lambat tanpa tujuan jelas.

Ibarat harddisk yang sudah terpakai lama, demikian juga DNA makluk hidup. Bedanya, lamanya sejarah DNA itu sudah laaamaaa sekali, ratusan juta tahun, dari sejak terbentuknya kehidupan pertama di muka bumi. Dan setiap kali diproduksi ulang, DNA lama itu disalin ke organisma baru. Jika kemudian seuntai gen tidak lagi digunakan, gen itu akan ditinggalkan begitu saja. Tidak ada yang namanya format ulang dalam dunia DNA ini. Tidak mengherankan setelah entah beberapa juta tahun, sudah pasti banyak junk yang terakumulasi. Dan karena dulunya junk itu merupakan informasi pembentuk makluk hidup jaman dulu, maka kalau ditest dengan algoritma komputer, akan terlihat bahwa da informasi di dalamnya. Itu tidak mengherankan.

Mari kita lihat contoh ini. Misalnya, seekor serangga berevolusi. Tadinya dia punya antena sebagai alat indera untuk mencari makan. Lalu kemudian dia mengembangkan mata yang bagus, sehingga dia tidak butuh antena itu lagi. Dalam evolusi, hal yang tidak dibutuhkan berkemungkian hilang tanpa mengganggu kelangsungan hidup species tersebut, dan antena itupun hilang. Arti dari bagian tubuh yang hilang adalah, gen sumber informasi antena itu berasal tidak lagi fungsional, dan menjadi bagian non-coding.

Kalau program DNA itu seperti program komputer buatan manusia, maka sang programmer mungkin akan menghapus bagian dari program komputer yang tidak lagi dibutuhkan. Tetapi alam tidak demikian, karena tidak ada programmer yang terus menerus memformat, dan merampingkan program makhluk hidup. Lalu bagaimana? Sederhana, biarkan saja kodenya disana tanpa dipedulikan. Bagian itupun tidak dijadikan bagian pembentuk protein, dan menjadi junk DNA. Tapi kodenya tetap ada disana2.

Bahkan dalam program komputer pun, sering sekali kita tidak mengenyahkan junks dari kode komputer dan dibiarkan saja disana. Karena siapa tahu suatu waktu nanti kita memerlukannya lagi. Ini membuat program kita besar sekali, tetapi cuma sebagian yang terpakai. Bahkan kode-kode yang tak terpakai ini sering dikompilasi masuk ke file EXE (executables). Akibatnya EXE file hasil kompilasi menjadi besar sekali. Pengkompilasi (compiler) yang lebih bagus akan tahu bagaimana cara mengefisiensikan besarnya file EXE, sehingga tidak memasukkan prosedur dan data yang tak pernah terpanggil ke dalamnya.

Kita bisa simpulkan, bahwa sangat tidak mengherankan kalau bagian yang disebut "junk DNA" itu mengandung informasi. Karena memang begitulah cara kerja yang alamiah. Dalam bagian junk tersebut mengandung banyak sekali informasi tentang sejarah evolusi makhluk hidup. Karena bagian itu pantas untuk dipelajari benar-benar dengan teliti.

Tetapi sebaliknya, jika junk DNA itu jestru tidak mengandung informasi, dan hanya mengandung noise, waduh.. berdiri bulu kuduk saya. Berarti ada yang rajin memformat ulang makhluk hidup! Berarti ada "Aktor" yang tidak ingin rahasia diketahui sehingga informasi tsb sengaja dihapus! Ini bisa menjadi ide bagus untuk film horror.. Ada yang mau jadi produsernya?

Baca lebih lanjut:
Junk DNA
'Junk' throws up precious secret



  1. Hal ini kemudian membuat pekerjaan computer forensic lebih mudah. Computer forensic adalah spesialisasi yang dalam membedah komputer, terutama harddisk yang dipergunakan seseorang, untuk digunakan dalam bidang pengusutan perkara hukum atau hal lain. Dari sana bisa didapat bukti-bukti kriminal dan rahasia-rahasia pribadi orang yang sedang diteliti. Cara-cara computer forensic juga bisa digunakan oleh mereka yang mau melakukan kejahatan komputer, yaitu dengan membeli harddisk-harddisk bekas dari kantor-kantor, dan mencoba untuk mendapatkan informasi yang berguna untuk digunakan. Karena untuk keamanan, lebih baik harddisk bekas dirusak dan dibuang daripada dijual dan diberikan pada pihak lain. Atau kalau mau diberikan, sebelum diberikan, gunakan perangkat lunak penghapus data secara total sebelum diberikan. Dengan cara ini, jika dilakukan dengan benar, bahkan ahli computer forensic-pun tidak akan bisa mendapatkan informasi dari data yang lalu.

  2. Walaupun kodenya tetap disana, bukan berarti sekarang kita mudah untuk mendapatkan lagi kode-kode makhluk purba dari sana. Kode-kode itu sudah tidak sempurna setelah jutaan tahun mengalami mutasi (perubahan kode secara alamiah dan random). Pada kode genetik, mutasi terarah, dalam arti, mutasi yang tidak menguntungkan akan berakibat matinya organisma tersebut, atau tidak mampunya organisma tersebut melanjutkan keturunannya. Sehingga hanya mutasi yang bagus saja yang tidak merugikan organisma akan diteruskan oleh keturunannya. Untuk bagian junk-DNA tidak demikian. Karena junk-DNA tidak berpengaruh bagi pembentukan fisik makhluk tersebut, maka mutasi-mutasi umumnya tidak lagi mempengaruhi kelangsungan sang makhluk, sehingga mutasi-mutasi yang tidak menguntungkan tetap bertahan. Ini menjadikan junk-DNA tidak lagi benar-benar bisa diandalkan sebagai pembentuk makhluk hidup.



Last Revised:Jan 12, 2006
Copyright © 2006 socineer.com
Lihat: Salin Ulang & Redistribusi